冷凝器在長時間使用后很容易出現管道形成水垢的現象，如果沒有及時處理掉，這些水垢會影響換熱效果，導致機組的冷凝溫度升高，進而導致制冷量降低、機組電耗增加，如下圖。因此冷凝器應該經常進行水垢清除。
預防和清除水垢的方法大致有以下三種：
1、機械除垢法：機械除垢是用軟軸洗管器對鋼制冷卻管的冷凝器進行除垢的方法，特別適用立式殼管式冷凝器。
操作方法是：
1、將冷凝器中的制冷劑抽出。
2、關閉冷凝器與制冷系統連接的所有閥門。
3、冷凝器的冷卻水正常供給。
4、用軟軸洗管器聯接的傘型齒輪狀刮刀在冷凝器的立管內由上而下地進行旋轉滾刮除垢，并借助循環冷卻水來冷卻刮刀與管壁磨擦產生的熱量，同時將清除下來的水垢、鐵銹等污物沖洗入水池。
在除垢過程中根據冷凝器的結垢厚度和管壁的銹蝕程度及已使用的年限長短來確定所選用適當直徑的滾刀，但在第1遍除垢所選用的滾刀直徑比冷卻管內徑要適當小一些，以防損傷管壁，再選用與冷卻管內徑接近的滾刀進行第二遍除垢，這兩遍除垢就能清除冷凝器95%以上的水垢和污銹。
這種機械除垢的方法是利用傘型齒輪狀滾刀在冷卻管內旋轉進刀過程中的滾刀轉動和震動，將冷凝器冷卻管中的水垢和污銹等清除掉，待除垢結束后將冷凝水池中的水全部抽掉，從池底把清除下來的垢、銹等污物清理干凈，并重新注水。
2、化學酸洗除垢法：用配制好的弱酸性除垢劑對冷凝器進行清洗，使水垢脫落，提高冷凝器的傳熱效率。
操作方法是：
1、在酸洗槽內配制好除垢溶液，開動酸洗泵，使除垢劑溶液在冷凝器的冷凝管中循環流動24小時后，一般情況下24小時后水垢基本清除干凈。
2、停止酸洗泵工作后，用圓形鋼刷在冷凝管器的管壁內來回拉刷，并用清水將垢、銹沖洗干凈。
3、再用清水反復清洗殘留在管內的除垢劑溶液，直至*干凈。化學酸洗除垢方法適用于立式和臥式殼管式冷凝器。
3、電子磁水除垢法：電子磁水器的工作原理是將流經冷凝器的冷卻水中的鈣、鎂和其它鹽類在常溫下以正負離子狀態溶解于水中。
當冷卻水以一定的的速度流經磁水器的橫向磁場時，溶解的鈣、鎂等離子獲得感應電能，使其電荷狀態發生變化，離子間的靜電引力受到干擾和破壞，這樣就改變了其結晶條件，使晶體的結構疏松，抗拉、抗壓能力降低，不能形成粘結力強的堅硬水垢，成為松散的泥渣隨冷卻水的流動而排出。
這種除垢方法既能有效地防止新水垢的產生，而且還能清除原有的水垢，因為使用電子磁水器后，離子失去了結垢能力，這就對原有水垢失去了保護作用。另外經過磁化了的冷卻水具有了一定的感應電能，同時由于冷凝器中的鋼管與水垢的膨脹系數不同，使原有水垢逐漸發生龜裂，磁化水又不間斷地侵入其裂縫中，破壞了原有水垢的粘著力，使之逐漸疏松而自行脫落并不斷地被循環冷卻水帶走。
電子磁水器的除垢方法簡便易行、勞動強度低，而且在不影響制冷系統正常運轉的情況下進行除垢和預防結垢。
除垢與節能的意義：
冷凝器一旦結了水垢，則導熱熱阻增大，于是熱阻增加，傳熱系數值就要減少，因為冷凝溫度與傳熱系數成反比，所以造成冷凝器溫度升高，冷凝壓力也相應增高，并且冷凝器結垢越嚴重，冷凝壓力就越顯著地增高，這樣就使制冷機耗電增加，并造成制冷系統各運轉設備的耗電相應的增加，造成電能浪費。
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